En 1994 se crea el Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente (CITMA), lo cual constituyó un cambio cualitativo en la atención de la ciencia y la tecnología en el país, introduciendo nuevas formas de organización de las actividades científico y tecnológicas, que por un lado potencien aún más el proceso de generación de conocimientos científicos en determinadas áreas y que por otro eleven a planos superiores el proceso de innovación tecnológica, con una contribución más directa en el desarrollo económico y social del país.
Con ello se comenzó a implementar un nuevo sistema de dirección de la ciencia y la tecnología que sustituye el anterior Sistema de Ciencia y Técnica por un Sistema de Ciencia e Innovación Tecnológica (SCIT) y esto en plena correspondencia con las transformaciones económicas que tiene lugar en el país en esta etapa. Aquí se pone de manifiesto nuevamente la orientación de la Política Científica Nacional y sus pilares fundamentales que la han sustentado desde el comienzo mismo del proceso revolucionario. Este Sistema es la forma organizativa a través del cual se materializa la política científica y tecnológica aprobada por el Gobierno para un determinado período, de conformidad con la estrategia de desarrollo económico y social del país.
En la provincia se crea la Delegación Territorial del CITMA con la definición de sus funciones estatales para el control y la dirección de la actividad científica, tecnológica y medio ambiental y comienza también el proceso de implementación del nuevo Sistema Territorial de Ciencia e Innovación Tecnológica, como uno de los momentos más trascendentales que ocurren en la organización de la actividad científico técnica en estos años. La innovación tecnológica comienza a abordarse como un factor clave en el conjunto de las actividades científico tecnológicas para elevar la eficiencia económica y social del país y se comienza a considerar que ésta debe ser parte consustancial de las estrategias de los sectores productivos y de servicios y la empresa deviene en un actor central en la dirección y atención del nuevo sistema.
Uno de los conceptos fundamentales en que se asienta el SCI es el de lograr un balance adecuado de la transferencia de tecnologías desde el exterior y la generación interna de tecnologías, o sea, hay que partir de análisis integrales que contemplen las estrategias de desarrollo de cada sector y rama, su factibilidad técnico económica y sus potencialidades científico técnicas nacionales.
El Sistema de Ciencia e Innovación Tecnológica en Cuba (SCIT) orienta por tanto la necesaria articulación de la generación de conocimientos y la investigación básica con la aplicación consecuente, dinámica y eficaz del mismo en la práctica social. Se pretende incrementar la capacidad de transformar la I+D en Innovación Tecnológica, en cerrar ciclo de las investigaciones, de transferir y asimilar el conocimiento necesario, de internalizar la gestión del conocimiento en el sector de producción de bienes y servicios fundamentalmente.
A partir de 1996 comienza a organizarse en la provincia a tenor del nuevo sistema de dirección, el Sistema de Programas y Proyectos, que permite organizar las actividades de investigación - desarrollo e innovación tecnológica en Programas Nacionales, Ramales y Territoriales, teniendo como célula básica el proyecto, como forma de la planificación de los recursos en el tiempo para la obtención de determinados resultados producto de la investigación científica y la innovación dirigidos a las prioridades establecidas para cada programa y etapa. En un inicio se aprobaron 6 Programas Científicos Tecnológicos Territoriales (PTCT) con 21 proyectos inicialmente asociados, que han ido madurando y consolidándose hasta alcanzar el número hoy de 11 PTCT con más de 60 proyectos asociados en las siguientes direcciones y objetivos de esos programas:
- Producción Sostenible de Alimentos de origen animal.
- Desarrollo Sostenible del Turismo.
- Desarrollo de Tecnologías para el uso de las Fuentes de Energía Renovable y la Eficiencia Energética.
- Alternativas de Producción Agrícola.
- Salud Humana.
- Cuencas Hidrográficas y Cambios Climáticos.
- Producción de Caña y su diversificación.
- Ciencias Sociales.
- Educación y Pedagogía.
En cada uno de estos programas, se desarrollan proyectos de investigación –desarrollo (I+D) y de innovación tecnológica (IT), todos ellos son financiados a nivel central, a partir de un presupuesto de gastos de cada proyecto y su factibilidad económica. Comienza a plantearse en el territorio los primeros proyectos de innovación tecnológica en empresas aunque en un número muy reducido y caracterizado por ser en lo esencial innovaciones incrementales o de pequeñas mejoras.