En 1994 se crea el Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente (CITMA), lo cual constituyó un cambio cualitativo en la atención de la ciencia y la tecnología en el país, introduciendo nuevas formas de organización de las actividades científico y tecnológicas, que por un lado potencien aún más el proceso de generación de conocimientos científicos en determinadas áreas y que por otro eleven a planos superiores el proceso de innovación tecnológica, con una contribución más directa en el desarrollo económico y social del país. 

Con ello se comenzó a implementar un nuevo sistema de dirección de la ciencia y la tecnología que sustituye el anterior Sistema de Ciencia y Técnica por un Sistema de Ciencia e Innovación Tecnológica (SCIT) y esto en plena correspondencia con las transformaciones económicas que tiene lugar en el país en esta etapa. Aquí se pone de manifiesto nuevamente la orientación de la Política Científica Nacional y sus pilares fundamentales que la han sustentado desde el comienzo mismo del proceso revolucionario. Este Sistema es la forma organizativa a través del cual se materializa la política científica y tecnológica aprobada por el Gobierno para un determinado período, de conformidad con la estrategia de desarrollo económico y social del país.